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紫外線殺菌是通過對微生物（細菌、病毒、芽孢等病原體） 的輻射損傷和破壞核酸的功能使微生物致死，從而達到消毒的目的。
紫外線對核酸的作用可導致鍵和鏈的斷裂、股間交聯和形成光化產物等，從而改變了DNA的生物活性，使微生物自身不能復制，這種紫外線損傷也是致死性損傷。
紫外線消毒的優點如下：
不在水中引進雜質，水的物化性質基本不變;
水的化學組成(如氯含量)和溫度變化一般不會影響消毒效果;
不另增加水中的嗅、味，不產生諸如三鹵甲烷等類的消毒副產物;
殺菌范圍廣而迅速，處理時間短，在一定的輻射強度下一般病原微生物僅需十幾秒即可殺滅，能殺滅一些氯消毒法無法滅活的病菌，還能在一定程度上控制一些較高等的水生生物如藻類和紅蟲等;
過度處理一般不會產生水質問題;
一體化的設備構造簡單，容易安裝，小巧輕便，水頭損失很小，占地少;
容易操作和管理，容易實現自動化，設計良好的系統的設備運行維護工作量很少;
運行管理比較安全，基本沒有使用、運輸和儲存其他化學品可能帶來的劇毒、易燃、爆炸和腐蝕性的安全隱患;
消毒系統除了必須運行的水泵以外，沒有其他噪音源。
