柴油濾清器的結構大致與機油濾清器相同，有可換式和旋裝式兩種。但其承受的工作壓力和耐油溫要求較機油濾清器低得多，而其過濾效率的要求卻比機油濾清器高得多。柴油濾清器的濾芯多采用濾紙，也有采用毛氈或高分子材料的。柴油濾清器除過濾柴油中的機械雜質外，還有一個重要的功能就是濾水。水的存在對于柴油機供油系統危害極大，銹蝕、磨損、卡死甚至會惡化柴油的燃燒過程。柴油濾清系統的除水方式主要是沉淀。或是在濾清器的下部設一沉淀腔，或是采用專門的沉淀器。無論是濾清器下部的沉淀腔，還是專門的沉淀器都設有放水閥，當水積聚到一定量時開閥放水。