陰離子聚丙烯酰胺分子鏈中含有一定量極性基團能吸附水中帶陽電荷的懸浮固體粒子，因此特別適用于帶陽電荷懸浮固體粒子的水處理工藝中，而陽離子聚丙烯酰胺在介質中均呈現陽電性，對污水中懸浮顆粒帶陰電荷的污水進行絮凝沉淀，澄清很有效，用陽離子聚丙烯酰胺要比用陰離子聚丙烯酰胺、或無機鹽類效果要高數倍或數十倍，因為這類廢水普遍帶陰電荷。
工業廢水處理：
　　 特別是對于懸浮顆粒，較粗、濃度高、粒子帶陽電荷，水的PH值為中性或堿性的污水，鋼鐵廠廢水，電鍍廠廢水，冶金廢水，洗煤廢水等污水處理，效果最好。

 飲用水處理：
　　我國很多自來水廠的水源來自江河。泥沙及礦物質含量高，比較混濁，雖經過沉淀過濾，仍不能達到要求，需要投加絮凝劑。過去水廠采用無機絮凝劑，但投加量大，造成污泥量增大效果不好。采用陰離子聚丙烯酰胺作絮凝劑，投加量是無機絮凝的1/50，但效果是無機絮凝劑的數倍，甚至幾十倍。對于有機物污染嚴重的江河水和陽離子聚丙烯酰胺配合使用效果更好。
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