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風機數量大，故障機率大。且因FFU布置在吊頂上，維修有一定困難。而集中風系統因設備較為集中，數量也少，易于維護。但這也不完全是缺點：FFU系統正是因為數量眾多而分散，通常少量的FFU出現故障，并不能對潔凈度造成嚴重的破壞。甚至可以在對潔凈度幾乎沒有影響的情況下發現并修復故障單元。而集中送風系統只要一臺AHU出現故障，就會造成大面積的潔凈室停止運行，對生產的影響很大。在幾乎所有的項目中，冷凍機、空壓機、純水設備、水泵、真空泵搶救無效都可以做到備份，盡量減少設備故障對生活的影響。唯獨空調箱的備份幾乎沒用。FFU系統則在某種程度上達到了這個目的。
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