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次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，可滲透入菌（病毒）體內與菌（病毒）體蛋白、核酸、和酶等發生氧化反應，從而殺死病原微生物。 

R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O

同時，氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓使其喪失活性而死亡。

在消毒方面，值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離分子氯，所以，一般難以形成因存在分子氯而發生氯代化合反應，生成不利于人體健康的有毒有害物質。并且，次氯酸鈉也不會象氯氣同水反應會最后形成鹽酸那樣，對金屬管道構成嚴重腐蝕。不過，它同氨可以發生反應，在水中生成微量的帶有氣味的氯氨化合物，但這種物質也是一種安全的殺生藥劑，只是遠不及次氯酸鈉的殺生能力。