通過粉末狀活性炭的水，由于殘留的細菌類微生物的營養源頭被吸附在粉狀活性炭的表面上，就構成了一個細菌舒服的繁衍場所。因此，在粉狀活性炭的凈水器中，就會有一般的細菌隨著水一同流出的現象。為了減少停留的水，應該對粉狀活性炭定期的檢查和檢測，如果一旦發現細菌含量超標，就需要對活性炭進行更換。否則就會造成嚴重的細菌污染和大腸桿菌的污染。
國內的飲用水執行標準中明確規定了飲用水經過粉末狀活性炭處理過后，一般情況下細菌應控制在100CFU每毫升以下，大腸桿菌應該是檢測不到才算合格。特別是大腸桿菌的污染是由于下水混入了自來水道中到導致的，對于一般的細菌來說，都是在空氣中的比較常見。
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