芍藥是多年生宿根草本本花卉。它的主根肉質，粗壯，紡錘形和長柱形，粗0.6－3.5厘米，淺黃褐色或灰紫色。
芍藥的芽是混合芽，叢生在根頸上，肉質，水紅色至淺紫紅色，也有黃色的，外有鱗片保護。芽的長短、大小依孕芽至萌芽時間，逐漸增大。
芍藥的莖，是由根部簇生的，高約50-110厘米，草本，莖基部圓柱形，上端多棱角，有的扭曲，有的直伸，向陽部分多呈紫紅暈。
芍藥的葉，是二回三出羽狀復葉，長20-24厘米，小葉有橢圓形、狹卵形、被針形等，葉端長而尖，全緣微波，葉面有黃綠色、綠色和深綠色等，葉背多粉綠色，有毛或無毛。
芍藥的花蕾，形狀有圓桃、平圓桃、扁圓桃、尖圓桃、長圓桃、尖桃、歪尖桃、長尖桃、扁桃等數種。外輪萼片葉狀，內萼片3枚(有時增至7枚），綠色或黃綠色，有時夾有黃白條紋或紫紅條紋，倒卵形、橢圓形或歪形。
芍藥的花，一般獨開在莖的頂端或近頂端葉腋處，也有一些稀有品種，竟是2花或3花并出的，花大，直徑可達10-20厘米；原種花，外輪萼片5枚，綠色，花瓣5－10枚，白色或粉紅色；雄蕊多數，心皮4—5枚，無毛；花色有白、黃、綠、紅、紫、紫黑、混合色等多種。
芍藥的果實，叫做蓇葖，2-8枚離生，呈紡錘形、橢圓形、瓶形等，光滑，有小突尖。
芍藥的種子，黑色或黑褐色。每枚有1-5粒。種子呈圓形、長圓形或尖圓形