它的原理是利用綜合電波改變水里的鈣、鎂等離子的物理結構，變成不溶于水的新結晶體，它們會懸浮于水里，不會粘附于管壁上，防止水垢形成。由于鈣鎂等離子從水中析出，水便回復于高溶解狀態，（水本身為高溶解度液體，但會因吸收其它物質而致飽和），當回復為高溶解狀態的水流經有水垢的管道，便能把水垢溶解并吸收，并于排水時排走，因此，該產品除具有防止水垢形成外，還能有效清除老垢。

2、殺菌滅藻
由于電子除垢儀的高頻電磁波在水體中產生紊流，破壞了細胞膜的離子通道，改變了細胞適應的內控電流和生存所需的環境條件。使其喪失生存能力而死亡。同時激勵后的水分子能將水中溶解氧包圍封鎖，切了微生物進行生命活動所需氧的來源，而達到了較好的殺菌滅藻效果，同時也防止了生物污泥的產生。

3、阻銹防腐
當水體接受高頻電磁能量的作用后，單個水分子包容了溶解在水中的氧分子，使溶解氧成為了惰性氧，切斷了金屬銹蝕所需氧的來源。