廢氣進入微生物細胞的異味物質在微生物代謝過程中作為能源和營養物質被分解、轉化成無害、簡單物質，在轉化過程中產生能量，為濾（池）塔中的微生物的生長與繁殖提供能源，使廢臭氣體物質的轉化持續進行。微生物是以種群形式存在，多種微生物共居在一個環境中，微生物的特性即相似又相異，不同的污染物質在自然界都可以找到降解它的微生物。因此在一套裝置里能同時處理凈化多種污染物質。生物菌種將導致污染物降解成二氧化碳和水，不產生二次污染。

生物濾池除臭是利用微生物的生物降解作用對臭氣物質進行吸收和降解從而達到除臭的目的。臭氣通過濕潤、多孔和充滿活性微生物的濾層。利用微生物細胞對惡臭物質的吸附、吸收和降解功能，微生物的細胞個體小、表面積大、吸附性強、代謝類型多樣的特點，將惡臭物質吸附后分解成CO2、H2O、H2SO4、HNO3等簡單無機物。

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