ISO14001認證體系審核的有效性是一個成熟的審核員追求的目標和審核機構實力的體現。ISO14001審核過程中，根據導則62及EA110的規定分階段和第二階段，兩個階段審核側重點的準確把握是ISO14001審核的有效性的重要保證之一。兩個階段在ISO14001審核過程中體現不同的層次和不同的側重點，一階段審核是二階段審核的基礎，通過一階段的審核明確二階段審核的重點的方向；二階段審核是在一階段審核基礎上對體系運行所作出的全面、系統的評價。通過一階段的審核，指出體系在策劃方面、體系的基礎性工作方面以及控制對象方面存在的不足之處，推動受審核方把握環境管理體系實施不偏離重點，為體系有效運行提供準確方向，同時也為審核機構進行第二階段審核提供可行的條件。

　　兩套標準的區別在于面向的對象不同，ISO9000標準是對顧客承諾，ISO14001標準是對、社會和眾多相關方（包括股東、方、公司等等）;ISO9000標準缺乏行之有效的外部監督機制，而實施ISO14000標準的同時，就要接受、執法當局、社會公眾和各相關方的監督。

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　　總之，階段審核的是體系的總體策劃情況，是體系基礎性、方向性的審核。第二階段審核的是體系的運行情況，只有策劃有效、基礎充分、方向無誤的體系運行才有可能是有效的。兩個階段審核互相補充，不可替代，共同支撐保證審核的深度和有效性。因此，體系文件的符合性，環境因素識別的充分性，重大環境因素評價的適宜性，法律法規的符合性，法律法規相應內容識別的適宜性、組織機構的適宜性和充分性，重大環境因素控制條款的一致性，內審和管理評審的可信度和充分性等都是在一階段審核的對象及評價的內容。把握以上內容審核，即把握住了階段審核的側重點，將為審核的有效性打下基礎。