廢水中的磷主要分為無機磷和有機磷。無機磷以各種磷酸鹽形式存在，包括正磷酸鹽、偏磷酸鹽、磷酸氫鹽、磷酸二氫鹽，以及聚合磷酸鹽如焦磷酸鹽、三磷酸鹽等。有機磷大多是有機磷農藥，如甲基對硫磷、乙基對硫磷、馬拉硫磷等構成，這些物質大多呈膠體和顆粒狀，不溶于水，易溶于有機溶劑。

廢水除磷一般是化學除磷和生物除磷。化學除磷是通過化學沉淀過程，采用的藥劑一般有鋁鹽、鐵鹽、石灰、次亞磷去除劑HMC-P3（主要針對電鍍、磷化工等行業產生的大量次亞磷廢水，是湛清環保針對性研發的化學藥劑）。生物除磷的基本原理是利用聚磷菌等微生物在厭氧條件下能充分釋放其細胞體內的聚合磷酸鹽，從而達到除磷的目的。