1.柱塞泵的活塞和泵體之間存在縫隙，柱塞泵通過活塞擠壓，讓高速流量藥液通過/入小孔徑通路時，所產生的剪切力Shear force可能會對剪切力敏感的某些生物產品產生潛在影響。2.如果產品粘度較高，柱塞泵在活塞擠壓藥液時，容易產生內腔較大的壓力，在微量灌裝時這種壓力容易影響灌裝精度，而蠕動泵相比而言，灌裝壓力相對較低。3.有些產品對金屬部件存在反應，那么無金屬部件的一次包材所構成的灌裝套件也避免了藥液與金屬的接觸。
蠕動泵的優點：1、無污染：水只接觸泵管，不接觸泵體2、精度高：重復精度、穩定性精度高、出色的控制器不讓多余的一滴水進入機器3、低剪切力：是輸送剪切敏感、侵蝕性強液體的理想工具4、密封性好：具有優良的自吸能力，可空轉，可防止回流5、蠕動泵維護簡單：無閥門和密封件，軟管是唯一的易耗件6、清潔：可隨時更換軟管，簡便、快捷。
蠕動泵主要由驅動器、軟管1、裝在轉子3上的滾輪2和外殼組成。在這些構件中，軟管1用橡膠或塑料等彈性材料制成，其余則為金屬剛性件。蠕動泵的動作柔和，適用于不耐剪切的流體。這種泵的結構簡單可靠，也是泵送中等流量、中等壓力的磨損性、易損及腐蝕性流體的理想選擇。由于只有軟管與流體接觸，所以它們的維護也很簡單。蠕動泵的工作原理是利用了一根軟質的彈性體管承受變形并恢復到最初形狀的能力。蠕動泵就像用手指夾擠一根充滿流體的軟管，隨著手指向前滑動管內流體向前移動。蠕動泵也是這個原理只是由滾輪取代了手指。通過對泵的彈性輸送軟管交替進行擠壓和釋放來泵送流體。就像用兩根手指夾擠軟管一樣，隨著手指的移動，管內形成負壓，液體隨之流動。